Misją Fundacji jest wspieranie wybitnych naukowców i zespołów badawczych oraz wspomaganie innowacyjnych projektów, komercjalizacji odkryć i wynalazków naukowych. Najważniejszym kryterium decydującym o przyznaniu przez FNP wsparcia jest doskonałość naukowa. Fundacja oferuje nagrody, stypendia i subsydia dla naukowców w każdym wieku, na każdym etapie kariery, niezależnie od uprawianej przez nich dziedziny nauki.