Filologia germańska, jako jednostka dydaktyczno-naukowa byłego Wydziału Humanistycznego, została powołana decyzją ówczesnego Rektora Uniwersytetu Gdańskiego, prof. dr hab. Janusza Sokołowskiego, w dniu 1 października 1979 roku.
Od dnia powstania do września 1990 roku Zakład Filologii Germańskiej kierowany był przez prof. dr hab. Stefana Zabłockiego. W lipcu 1989 roku przeprowadzono rekrutację na pierwszy rok studiów dziennych magisterskich. Od 1 października 1991 roku do 30 sierpnia 1992 roku Zakładem kierował prof. UG, dr hab. Jan Watrak. Od dnia 1 września 1992 roku Zakład uzyskał status Katedry Filologii Germańskiej. Kierownikiem Katedry był od 1 września 1992 roku do 30 sierpnia 1993 roku prof. UG, dr hab. Jan Watrak. W latach 1993-1997 kierowali Katedrą kolejno: prof. dr hab. Tomasz Czarnecki, prof. dr hab. Marian Szczodrowski i prof. UG, dr hab. Marek Jaroszewski. W roku 1994 ukończyli studia pierwsi absolwenci Katedry, a w roku 1997 wypromowano pierwszego doktora. Od 1 października 1997 roku Katedra przekształcona została w Instytut Filologii Germańskiej. Pierwszym Dyrektorem Instytutu był w latach 1997-2002 prof. UG, dr hab. Marek Jaroszewski.
Przez kolejne dwie kadencje (2002-2008 i 2008-2012) funkcję tę pełnił prof. zw. dr hab. Andrzej Kątny. W latach 2012-2016 funkcję dyrektora pełniła prof. UG, dr hab. Danuta Olszewska.
Pracownicy Instytutu prowadzą badania naukowe związane głównie z literaturą niemiecką XIX i XX w., literaturą dawnych epok, stosunkami kulturalnymi polsko-niemieckimi, kontaktami i konfrontacją języka niemieckiego i polskiego, problemami relacji językoznawstwa i glottodydaktyki. Od 1993 roku wydawany jest rocznik naukowy Studia Germanica Gedanensia.
